Pour compléter le grand orgue construit par la maison Merklin-Schütze, présenté en 1867 à l’Exposition universelle de Paris et posé en 1869, Mgr Trouillet, le curé bâtisseur de l’église Saint-Epvre, commanda un orgue de chœur à la même manufacture parisienne. On ne sait pas exactement à quelle date il fut installé, mais il est certain qu’il était en place en 1872, date à partir de laquelle il fut assuré pour une valeur de 10.000 francs.
La seule transformation qu’il ait subie fut réalisée par le facteur Kuhn de Männedorf (CH), par l'intermédiaire de sa filiale de Nancy, probablement vers 1911, au moment où le même facteur travailla aussi au grand-orgue. On trouve en effet le nom de Josef Weidmann, tuyautier de Kuhn ayant aussi signé dans l'orgue de choeur de la cathédrale de Nancy, sur le premier tuyau de la Gambe du récit.

Cette transformation consista à :
– poser les basses du Salicional 8 sur des moteurs pneumatiques ;
– supprimer la coupure en basses et dessus de la Trompette 8 pour affecter le tirant libéré à un accouplement I/II pour la première octave ;
– renouveler la Gambe 8 du récit ;
– emprunter au récit la première octave du Bourdon 8 du grand-orgue ;
– emprunter à la pédale le Bourdon 16 du grand-orgue ;
– ajouter un trémolo.
Eu égard à la qualité de cet instrument et à son degré de conservation, la partie instrumentale de
l’orgue de chœur a été classée au titre des Monuments historiques par arrêté du 30 novembre 1990.

Depuis lors, l’instrument a subi un sinistre : un clochard, qui s’était laissé enfermer dans
l’église et s’était réfugié dans l’orgue lorsqu’il avait entendu quelqu’un venir, s’est affolé lorsque cette personne s’est mise à jouer de l’orgue et s’est affalé sur la tuyauterie du grand-orgue.